سلام ,

من پیشنهاد میکنم از پکیج Eloquent ORM استفاده کنید.

برای نصب این پکیج دستور زیر رو بزنید.

composer require illuminate/database

.این پکیجی هست که در لاراول استفاده می‌شه و شما می‌تونید در خارج از این فریم ورک هم استفاده کنید.

سلام و احترام

بله اطلاعات مربوط به اتصال به دیتابیس رو یا به طور کلی کانفیگ‌ها رو توی فایل env یا یه فایل جدا کانفیگ قرار بدید چون ممکنه کانفیگی که روی لوکال و وقتی که روی سرور هست متفاوت باشه و اینا داخل کانفیگ باشه خیلی بهتره 

اگه میخواید راحت با mongodb کار کنید پیشنهاد میدم از یه orm استفاده کنید 

https://github.com/mongodb/mongo-php-library

مستندات و راهنمایی استفاده ازش هم : https://docs.mongodb.com/php-library/current/