سلام 

برای پروژه‌های بزرگ بهتر هستش که از ORM هایی که قبلا نوشته شده‌اند استفاده کنید مثل Doctrine و یا Eloquent ..

و همچنین روش درست و مرسوم استفاده از دیتابیس در پروژه‌های بزرگ ترکیب کردن ORM به همراه استفاده از کوئری‌های خام هستش .. به این صورت که برای کوئری‌های ساده مثل find , where , update و مواردی از این دست از ORM استفاده کنید ولی برای کوئری‌های پیچیده‌تر مثلا جوین زدن بین ۲ جدول و جمع‌آوری دیتاها (aggregate) خودتون کوئری SQL بزنید به این خاطر که کوئری‌های پیچیدرو ORM تبدیل به چند کوئری میکنه در صورتی که امکان داره اگر خودتون کوئری بزنید با یک کوئری بتونید اون دیتایی که میخواید رو به دست بیارید .. 

موفق باشید.