سلام. وقت بخیر
عنصر header فقط برای بخش Navigation Bar استفاده نمی‌شه و می‌تونه محتوای آغازین صفحه مثل عنوان اصلی، توضیحات و Hero Section رو هم شامل بشه. می‌تونید بخش Hero رو در یک section و در header هم قرار بدید. منافاتی با هم ندارن.
به منطق و سلیقه برنامه‌نویس، ساختار طراحی و محتوای سایت بستگی داره. و موردی که شما فرمودید هم درست هست.