اقای صالحی الان میشه گفت 90 درصد پروژه‌ها و نرم افزار‌ها تحت یک فریم ورک توسعه داده میشن

برای زبان php فریم ورک‌های laravel , codeigniter , zend و ... نوشته شده که از هرکدوم میشه برای توسعه نرم افزارمون استفاده کنیم

تو ایران laravel به خاطر ویژگی‌های خوبی که داره بیشتر استفاده میشه ولی دایرکتوریش یکم با فریم ورک‌های دیگه متفاوته و برای درک نوع پوشه بندی توصیعه نمیکنم.

شما میتونیک فریم ورک pip که خیلی ساده و ابتدایی است رو بررسی کنید 

https://github.com/ronmarasigan/PIP

یا فریم ورک codeigniter که دایرکتوری خوبی به عنوان یک فریم ورک داره و میتونید از پوشه بندیش الگو بگیرید.

البته به توصیه استاد آوند گوش کنید که خدایی نکرده سردرگم نشید :)))