درود وقتتون بخیر 

من توی کد شما به جای استفاده از animate از setinterval استفاده کردم و مشکل برطرف شد 

کد اصلاح شده:

$(document).ready(function () {
  $(".counter").each(function () {
    var $this = $(this);
    var countTo = $this.attr("data-count");
    var countNum = parseInt($this.text());
    var interval = setInterval(function () {
      if (countNum < countTo) {
        countNum++;
        $this.text(countNum);
      } else {
        clearInterval(interval);
      }
    }, 50);
  });
});

موفق باشید