سلام داوود عزیز. وقت به خیر

۱− شما در هر یک از محیط هایی که پروژتون روقرار میدید باید فایل .env همان محیط را ایجاد کنید و بصورت دستی خودتون تغییرات اعمال کنید و مقداردهی کنید.

۲− برای درک این مورد باید git رو مطالعه کنید. ولی بصورت خلاصه فایل‌ها و مسیرهایی که داخل این فایل قرار میگیرند از ردیابی و track کردن توسط git مستثنی میشن و گیت با تغییرات در آنها کاری ندارد. برای درک بیشتر لینک زیر مطالعه کنید:

https://git-scm.com/docs/gitignore

۳− فایل کانفیگ فایل هایی هستند که ما تنظیمات و کانفیگ‌های نرم افزار داخلشون قرار میدیدم مثلا در فایل database.php پوشه کانفیگ ما میایم ‌‌و درایورهای پایگاه دادمون رو به همراه کانفیگشون قرار میدیم و حالا در فایل env میایم و درایور مورد نظرمون رو برای اجرای برناممون انتخاب میکنیم

موفق باشید